《海底總動(dòng)員》的主角是一對(duì)可愛(ài)的小丑魚(yú)(Clownfish)父子。父親瑪林和兒子尼莫一直在澳洲外海大堡礁中過(guò)著安定而"幸福"的平靜生活。魚(yú)爸爸瑪林一直謹(jǐn)小慎微，行事縮手縮腳，雖然已經(jīng)身為人父，卻絲毫不會(huì)影響它成為遠(yuǎn)近聞名的膽小鬼。也正因?yàn)檫@一點(diǎn)，兒子尼莫常常與瑪林發(fā)生爭(zhēng)執(zhí)，甚至有那么一點(diǎn)瞧不起自己的父親。直到有一天，一直向往到海洋中冒險(xiǎn)的尼莫，游出了他們所居住的珊瑚礁。正當(dāng)尼莫想要舒展一下小尾巴的時(shí)候，一艘漁船毫不留情地將歡天喜地的尼莫捕走，并將它輾轉(zhuǎn)賣到澳洲悉尼灣內(nèi)的一家牙醫(yī)診所。

　　在大堡礁的海底，心愛(ài)的兒子突然生死未卜的消息，對(duì)于魚(yú)爸爸瑪林來(lái)說(shuō)卻無(wú)異于晴天霹靂。盡管膽小盡管怕事，現(xiàn)在為了救回心愛(ài)的孩子，瑪林也就只有豁出去了。它決心跟上澳洲洋流，踏上尋找自己兒子的漫漫征程。

　　雖說(shuō)是已下定決心，但這并不代表瑪林可以在一夜之間拋棄自己怯懦的性格。途中與大白鯊布魯斯的幾次驚險(xiǎn)追逐，很快便令它萌生退意，險(xiǎn)些使父子重聚的希望化為泡影。但幸運(yùn)的是，瑪林遇到了來(lái)自撒馬力亞(Samaritan)的藍(lán)唐王魚(yú)(Regal Blue Tang)多瑞(Dory)。多瑞是一只熱心助人、胸懷寬廣的大魚(yú)。雖然嚴(yán)重的健忘癥常常搞得瑪林哭笑不得，但是有多瑞在身邊做伴，卻也漸漸令瑪林明白了如何用勇氣與愛(ài)戰(zhàn)勝自己內(nèi)心的恐懼，也懂得了一生中有一些事情的確是值得自己去冒險(xiǎn)去努力的道理。

　　就這樣，兩條魚(yú)在遼闊的太平洋上的冒險(xiǎn)使它們交到了形形*的朋友，也遭遇了各式各樣的危機(jī)。而魚(yú)爸爸瑪林也終于克服萬(wàn)難，與兒子團(tuán)聚并安全地回到了自己的家鄉(xiāng)。過(guò)去那個(gè)甚至連自己兒子都瞧不起的膽小鬼瑪林，經(jīng)過(guò)這次的考驗(yàn)后成為了兒子眼中真正的英雄！一場(chǎng)親情團(tuán)聚的大戲，就此在充滿淚水的眼睛中落下了帷幕